Η Εκκλησία στη Νάξο σύμφωνα με την ομολογία πίστεως της Ελευθέρας Αποστολικής Εκκλησίας Πεντηκοστής (όπως αυτή διαμορφώθηκε αργότερα) πρωτοεμφανίζεται το έτος 1949 με τους πρώτους πιστούς στο νησί και εδρεύει στο χωριό Δαμαλάς  κατ’ οίκον, στην οικία Ειρήνης Ορφανού-Δέτση.

Στη συνέχεια το έτος 1950 δημιουργείται στη Νάξο δεύτερη κατ’ οίκον συνάθροιση στο χωριό Μονή στην οικία Ιωάννη Περιστεράκη.

Το έτος 1965 ιδρύεται επισήμως ως αναγνωρισμένο δόγμα από την Ελληνική Πολιτεία η Ελευθέρα Αποστολική Εκκλησία Πεντηκοστής  και η Εκκλησία της Νάξου εδρεύει στο χωριό Δαμαλάς σε αίθουσα ιδιοκτησίας της Φλώρας Δέτση, με Επίσκοπο-Ποιμένα τον Εμμανουήλ Γεωργίου Ορφανό.

Το έτος 1969 κατόπιν και της υπ. αριθόν 721/1969 απόφασης του Συμβουλίου της Επικρατείας χορηγείται Άδεια Λειτουργίας Ευκτήριου Οίκου στην Ελευθέρα Αποστολική Εκκλησία Πεντηκοστής Νάξου από το Υπουργείου Εθν. Παιδείας  με   αριθ. πρωτ. 23368/7-5-1969 και Επίσκοπο-Ποιμένα τον Εμμανουήλ Γεωργίου Ορφανό.

Το έτος 1985 η Εκκλησία μεταστεγάζεται στο ίδιο χωριό (Δαμαλάς Νάξου) σε αίθουσα ιδιοκτησίας του τότε Επισκόπου-Ποιμένα Εμμανουήλ Ορφανού.

Το έτος 1991 λόγω γήρατος του Επίσκοπου-Ποιμένα, αρχίζει να υπηρετεί την εκκλησία ο Αντώνης Ιωάννη Περιστεράκης με καταγωγή από το χωριό Μονή Νάξου, μέλος της οικογένειας Περιστεράκη παλαιών πιστών αδελφών του νησιού ο οποίος τότε εργαζόταν ως Διάκονος στην Ε.Α.Ε.Π. Ηλιούπολης Αττικής. Στις 10-11-1992 αποδήμησε στον Κύριο ο Επίσκοπος-Ποιμένας Εμμανουήλ Γεωργίου Ορφανός (πλήρης ημερών, καρπού και ευλογιών) και στις 28-8-1993 με εξουσιοδότηση της Συνόδου της Ε.Α.Ε.Π. αναλαμβάνει την επισκοπή της Εκκλησίας στη Νάξο ο Πρεσβύτερος πλέον Αντώνης Ιωάννη Περιστεράκης ο οποίος ήταν ήδη αποδεκτός από το πλήρωμα της Εκκλησίας καθώς την υπηρετούσε.

Το έτος 1994 με την υπ’ αριθμόν Α3/1/10-1-1994  Άδεια Λειτουργίας Ευκτήριου Οίκου του υπουργείου Εθνικής Παιδείας και Θρησκευμάτων εγκρίνεται ως νέος Επίσκοπος-Ποιμένας ο Αντώνης Περιστεράκης παράλληλα με την μεταστέγαση της Εκκλησίας στην πόλη της Νάξου  και συγκεκριμένα στην περιφερειακή οδό Λεωφόρος  Νάξου Εγγαρών όπου βρίσκεται έως σήμερα.

Είμαστε ευγνώμονες προς τον Θεό γιατί όλα αυτά τα χρόνια ο Κύριος έχει χαρίσει στη Εκκλησία της Νάξου πολλές αθάνατες ψυχές και ολοκληρωμένες οικογένειες που έγιναν με τη ζωή τους φως για το νησί μας. Πιστοί του Χριστού από πολλά χωριά (Δαμαλάς, Μονή, Χώρα, Εγγαρές, Φιλότι, Κινίδαρο κ.α.) παλαιότεροι και νεότεροι με μια καρδιά και μια ψυχή, αγωνιζόμαστε τον καλό αγώνα της πίστεως μεταδίδοντας το Ευαγγέλιο του Χριστού το οποίο είναι δύναμις Θεού προς σωτηρία εις πάντα τον πιστεύοντα!